ニホンウナギの生態については、まだまだわからないことが多く、特に産卵場所については長年、謎でした。しかし、2006年ころから日本の研究者チームが本格的な調査をはじめ、2009年、とうとうその場所を、日本から2000km以上離れた、太平洋のマリアナ海域だと特定しました。
ここで卵がふ化し、透明な仔魚（しぎょ）になります。仔魚は太平洋を回遊して、稚魚（ちぎょ）へと変態し、東アジア近海へと向かいます。この稚魚は「シラスウナギ」と呼ばれ、日本のほか、台湾、中国、韓国などに生息しています。シラスウナギは透明で、日本では鹿児島をはじめ、宮崎、高知、静岡などの川を遡上します。
シラスウナギは川を遡上すると、腹が黄白色の「黄ウナギ」になります。川や湖で5～10年成長すると、からだ全体が黒ずみ、腹が銀色をした「銀ウナギ」に変わります。この銀ウナギが、私たちが食べるおなじみのウナギです。
成長したウナギは川を下り、太平洋を回遊して、再びマリアナ海域の産卵場所へ向かうと思われますが、この過程についてはまだよくわかっていません。